Wyboru kandydatów na prezesa kolegium dokonuje zgromadzenie ogólne kolegium w głosowaniu tajnym, bezwzględną większością głosów, w obecności co najmniej 3/5 swojego składu. W przypadku uzyskania wymaganej większości głosów przez więcej niż dwóch kandydatów, wnioskiem zostają objęci dwaj kandydaci, którzy uzyskali kolejno najwyższą liczbę głosów. W przypadku uzyskania wymaganej większości głosów przez jednego kandydata lub nie uzyskania wymaganej większości głosów przez żadnego kandydata, zarządza się ponowne głosowanie w celu wyłonienia jednego lub dwóch kandydatów. Kandydatem lub kandydatami zostają te osoby, które uzyskały kolejno najwyższą liczbę głosów.

Prezes powoływany jest przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek zgromadzenia ogólnego kolegium spośród dwóch kandydatów będących etatowymi członkami kolegium.

Kadencja prezesa trwa 6 lat licząc od dnia powołania. Po upływie kadencji dotychczasowy prezes pełni swoje obowiązki do czasu powołania nowego prezesa kolegium.