Prezes kolegium kieruje pracami kolegium, a w szczególności:

• reprezentuje kolegium na zewnątrz,      
• przedkłada, po przyjęciu przez zgromadzenie ogólne kolegium, Prezesowi Rady Ministrów i sejmikowi województwa roczną informację o działalności kolegium w terminie do końca kwartału roku następującego po roku objętym informacją,
• opracowuje projekt regulaminu organizacyjnego kolegium,
• zgłasza wniosek o ustalenie liczby członków kolegium,
• ogłasza konkurs na członków kolegium,
• przewodniczy pracom komisji konkursowej,
• przedstawia kandydatów na członków kolegium wyłonionych w drodze konkursu,
• występuje z wnioskami o powołanie i odwołanie wiceprezesa kolegium oraz członka kolegium,
• czuwa nad jednolitością orzecznictwa oraz sprawnością pracy kolegium, wyznacza przewodniczących składów orzekających.

Prezes kolegium wykonuje również czynności przewidziane przepisami prawa dla organów administracji publicznej, niezastrzeżone dla składu orzekającego.